목성 자기권 궤도선의 목적은 목성의 자기권과 플라스마 구조를 다른 탐사선들과의 협조를 통해 "3개의 지점"에서 관측하는 것이었다. 목성 자기권 궤도선의 페이로드 중량은 10 kg이고, 따라서 과학 장비를 2~3개 정도밖에 싣지 못한다. 이전에 시도되지 않았던 탐사를 진행하기 위해 탐사선에는 주노 탐사선에 실린 것과 다른 파장의 X선 분광기가 실릴 예정이었다.[5]
2013년 11월, 일본의 과학자들은 자체적으로 탐사선을 발사해 목성 얼음 위성 탐사선과 비슷한 시간에 목성에 도달하여 외행성 탐사를 시작하는 것은 어렵다고 발표했다. 이 때문에, 목성 탐사를 진행하기 위해서는 유럽 과학자들과의 직접적인 협력은 꼭 필요하게 되었다.[1] 결국 일본에서 목성 얼음 위성 탐사선의 과학 장비 10개 중 4개를 제작하기로 결정되었다.[1]