IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다. 하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……[3]
이번 작품은 가상 공간 안과 현실 세계에서 동시에 일어난 사건을 해결하는 극장판이다. 19세기 말 런던에 존재했던 잭 더 리퍼와 셜록 홈즈를 주제로 잡았다. 비록 가상 공간이지만, 명탐정 코난의 스토리상 일본을 떠날 수 없는 에도가와 코난의 국외 에피소드다.
지금까지 극장판과는 다르게 이번 극장판에서는 노자와 히사시가 각본을 맡았다. 그가 자랑하는 "부모와 자식의 정" 이라고 하는 테마로 죽음을 그리면서도 사는 걸 적극적으로 긍정하도록 각본을 썼는데, "절망을 능가해야 할 희망"을 그린다는 주제로 명탐정 코난에 첫 발을 디뎠다. 이 색다른 테마는 일본에서 즉각적으로 반응을 일으켜 명탐정 코난 극장판 중 두 번째로 많은 흥행 수입을 냈으며(34억 엔), 2002년 연간 방화 2위를 차지하고, 명탐정 코난 극장판 리퀘스트에서 3위를 차지하였다. 또한 이러한 인기에 힘입어 국내에서 최초로 극장에서 상영된 명탐정 코난 극장판이 되었다.
한편 이 극장판에 대해 유독 일본에서 많은 의견이 오갔다. 일각에서는 극장판을 비판하지만, 다른 쪽에서는 참신한 시도로 보기도 한다.
한국 극장 상영시에는 일본 원판 필름을 넌리니어(화면 수정)을 하지 않은 채 그대로 방영하였다. 그러나 이후 투니버스 방영시에는 TMS의 국제 방송용 넌리니어판이 그대로 방영되어, 일본어로 된 자막은 영어로, 기타 상황 설명등은 수정 없이 방영되었다. (이는 DVD판과 동일하다.) 한편, 지금까지 극장판과 동일하게 주제가는 간주부분까지만 방영되었지만, 성우진 등 스탭롤과 엔딩 이후 자투리 영상까지 편집되어 방영되는 등 파국을 겪었다.
