원인은 세균·바이러스·진균(眞菌) 등의 감염에 의한 것이 많고, 대체로 구강이 불결한 경우에 나타난다. 또 의치(義齒) 등에 의한 기계적 자극, 열탕(熱湯)에 의한 온열적 자극,
약품에 의한 화학적 자극 외에 전신질환을 비롯하여 영양불량·임신, 그 밖에 저항력이 감퇴하였을 때에도 발생한다. 증세는 구강점막의 발적(發赤)·종창·작열감(灼熱感)·구취·물집·궤양 등이 생기고
동통(疼痛)이 심하다. 중증이면 발열하고 저작(咀嚼)·연하(嚥下)·발음 장애를 일으키며, 유아는 영양장애가 있기 쉽고 국소(局所) 림프절도 부어오른다.
발생원인에 따른 분류
재발성 아프타성 구내궤양(canker sore): 입 안에 궤양이 생기는 구내염으로, 정확한 원인은 알 수 없지만 면역체계의 이상이나 세균, 바이러스 감염에 의한 것으로 알려져 있다. 뜨거운 음식, 뺨과 혀의 상처 등이 원인이 되기도 하고, 피로와 스트레스, 알레르기 등에 의해 증세가 악화될 수 있다.
헤르페스성 구내염(cold sore): 헤르페스 바이러스에 의해 입 주변 얼굴에 발생하며 수포가 생기고 통증이 심하다. 성인이 되기 전에 잘 나타나며, 전염성이 있는 질환이다.
편평태선(leukoplakia): 세포의 과다 성장으로 인해 뺨, 잇몸, 혀에 두꺼운 하얀 조각(patch)이 생기는 구내염이며, 흡연자에게서 흔히 나타난다. 잘 맞지 않는 틀니를 사용하거나 뺨을 씹는 습관이 있는 경우에도 생길 수 있다. 종양으로 발전할 수도 있다.
칸디다증(candidiasis): 곰팡이 감염으로 인해 생긴다. 틀니를 사용하거나 소모성 질환 또는 면역질환을 앓고 있는 경우 잘 발생하는데, 특히 어린아이에게서 흔히 발병한다. 구강 건조증이 있는 사람이나 항생제 복용 후에 일어나기도 한다.
이 외에도 감염 경로를 기준으로 분류할 수 있는데, 세균 감염, 진균 감염(곰팡이균), 바이러스 감염 등의 감염성 구강점막 질환과 재발성 아프타성 구내궤양, 유천포창, 천포창 등의 면역성 구강점막 질환, 그리고 혀 표면의 갈라짐, 양성 이동성 설염, 위축성 설염 등의 혀 점막의 질환으로 나누어 볼 수 있다.