სენაკისა და ჩხოროწყუს ეპარქია – მდებარეობს სამეგრელოში, ისტორიული კოლხეთის სამეფოში, ოდიშის დაბლობზე და მოიცავს სამეგრელოს ქალაქებს – სენაკს, ჩხოროწყუს და მათ მიმდებარე ტერიტორიას.
აფხაზეთის საკათალიკოსოს ჩამოყალიბების შემდეგ, მთელ დასავლეთ საქართველოში მისი იურისდიქცია გავრცელდა, ხოლო საქართველოს ტერიტორიაზე დაფუძნებული ბერძნული სამღვდელმთავროების ქართულით შეიცვალა.
თანამედროვე სენაკისა და ჩხოროწყუს ეპარქიის ტერიტორიის იმჟამინდელი მოსახლეობა ცაიშისა და ჭყონდიდის ეპარქიების შემადგენლობაში ითვლებოდა. როდესაც საქართველო სამეფოებად და სამთავროებად დაიყო, სენაკის ტერიტორიაზე არსებული უკვე გაყოფილი ეგრისის სამეფოს ძველი დედაქალაქი ციხეგოჯი, XVI–XVIII საუკუნეში ოდიშის მთავართა - დადიანთა რეზიდენცია გახდა. ამ დროიდან ჩრდილო კავკასიელ მთიელთა შემოსევებით შევიწროებული აფხაზეთის კათალიკოსი იძულებული ხდებოდა თავშესაფარი შედარებით უსაფრთხო ადგილას ეძია და უპირველესი მღვდელმთავარი ღვთისმსახურებას ხშირად სენაკში აღასრულებდა.
საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ ეს მხარე 1823 წელს ჩამოყალიბებულ სამეგრელოს ეპარქიაში იყო გაერთიანებული. 1874 წლის მაისის თვეში რუსეთის ეკლესიის წმიდა სინოდის განჩინებით გაუქმებული სამეგრელოს ეპარქია იმერეთის ეპარქიას მიუერთეს, ხოლო 1885 წლიდან შექმნილი გურია–სამეგრელოს ეპარქია სენაკისა და ჩხოროწყუს ტერიტორიებსაც აერთიანებდა.
1917 წლის შემდეგ
1917 წელს საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ განახლდა ჭყონდიდის ეპარქია, რომელიც მთლიანად მოიცავდა სამეგრელოს ტერიტორიას. 1995 წელს საქართველოს ეკლესიის წმიდა სინოდის გადაწყვეტილებით ჭყონდიდის ეპარქიის საფუძველზე, მის ტერიტორიული გაყოფის შედეგად, აღდგა ძველი სამღვდელმთავროები: ზუგდიდისა და ცაიშის, ფოთისა და სენაკის, და საკუთრივ ჭყონდიდისა.
2003 წ. 18 აგვისტოს, საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის წმიდა სინოდის კრების განჩინებით, ჭყონდიდისა და ფოთი-სენაკის ეპარქიათა ხელახალი ტერიტორიული გადანაწილების საფუძველზე ჩამოყალიბდა სენაკისა და ჩხოროწყუს ეპარქია. ახალდაარსებული ეპარქიის საჭეთმპყრობლად წმიდა სინოდმა გამოარჩია არქიმანდრიტიშიო მუჯირი.
