2005年9月22日、約60人が参加するBYUセミナーで、ジョーンズは2001年の9月11日のアメリカ同時多発テロ事件における航空機突入によるワールドトレードセンターと7 WTCの崩壊について見解を発表した。ジョーンズは、主流の崩壊理由に反して、さまざまな証拠が、ビルの崩壊はテルミットによる制御された爆破解体を示していると主張した。彼が引用した証拠としては、崩壊の速度と崩壊の対称性、およびビルから噴出した粉塵の特徴であった。後に、粉塵から見つかった灰色や赤色の欠片をナノテルミットの痕跡として特定し、テルミット反応生成物(酸化アルミニウムと鉄に富む微小球)も粉塵から発見されたと主張した[27]。彼は、制御された解体理論を検証するために、さらなる科学的調査と政府によるすべての関連データの公開を求めた[28]。セミナーの直後、ジョーンズは「なぜWTCの建物は崩壊したのか(Why Indeed Did the WTC Buildings Collapse?)」というタイトルの研究論文を発表したが、物理学部のWebサイトの彼のページでは、BYUはこの論文に責任を負わないとコメントしていた[29]。
ジョーンズは、WTCが爆破解体されたことを示唆する論文をいくつか発表したが、その中でも2005年の論文「WTCが実際に崩壊した理由(Why Indeed Did the WTC Buildings Collapse?)」はこの主題に関する最初の論文であり、その内容と科学的厳密さに対する主張の両方について論争の的とみなされた。その初期の批判者としては、BYUの工学部のメンバーが含まれていた[44]。彼が意見を公にした直後に、BYUの物理数学科学学部と構造工学部は、ジョーンズの見解から距離を置いた声明を発表した。彼らはジョーンズの「仮設と証拠の解釈は学者と実務家によって疑問視されていた」と指摘し、それらが「厳密な技術的審査を保証する関連した科学的議論を行う場に提出された」かどうかに疑問を表明した[45]。2006年4月7日には、ジョーンズはさらなる提示と擁護を、スノー・カレッジ付近のユタ科学芸術アカデミーの仲間の前で行った[46]。ジョーンズは、この論文はD.R.グリフィンの本「9/11 and American Empire:Intellectuals Speak Out」が掲載される前に査読を受けたと主張した[47]。この論文は、"2001年9月11日の調査全体を網羅する"ことを目的として、ジョーンズによって共同設立及共同編集されたジャーナル「9/11研究」に掲載された。さらに、この論文は、陰謀論者のデイビット・レイ・グリフィンとピーター・デール・スコット編集のエッセイにも掲載された。査読プロセスの有効性に関して懐疑論が生じたときは、陰謀論者はさらにいっそう表向きの隠蔽を仮定することで反論した[48]。
2009年4月、ジョーンズはニールス・ハリット(Niels H. Harrit)と他の7人の著者とともに、公開化学物理誌(The Open Chemical Physics Journal)上で「9/11 ワールドトレードセンター崩壊の粉塵から発見された活動的な熱的物質」という題名の論文を発表した[51]。一方で、ジャーナル編集者である爆発物とナノテクノロジーの専門家であるマリー・ポール・ピレニ教授は辞任した[52][53]。彼女はデンマークの科学ジャーナルVidenskabから、記事の内容に対する専門的な評価を求めるメールを受け取っていたが[54][55]、そのピレニによると、記事はピレニの許可なしに公開されたということであった。そのこともあり、その後、出版社であるベンサムサイエンス出版社の信頼性に関して多くの懸念が生じることとなった。これには、SCIgen[56] で生成された査読済み記事を公開したこと(SCIgenは、IEEEおよびシュプリンガーにも論文を載せることに成功している[57])と、管理者級の複数人が辞任となったこと[58][59]、そしてスパムを介して無関係の分野の研究者の論文投稿を促したこと[60]、ということも含まれていた。ジョーンズが公開化学物理学誌に投稿した研究論文の査読審査に関して、デビッド・グリスコム(David Griscom)は自分は査読者の1人だったと明らかにした。ジョーンズは、共同執筆した論文の「解明の議論と応援」に対する謝辞の中で、グリスコムと9/11を研究している複数の科学者に言及した[27][61]。なお、自身を査読者として明らかにしジョーンズから大胆にも正面から歓迎を述べられる[61] 約4年前、グリスコムは証拠に基づいた9/11の研究を擁護する書簡を発表していたが[62]、ジョーンズはそのときその編集者であった[63]。
ジョーンズは、9/11真実のための学者の会の創設メンバーで、ジェームス・フェッツァー(James H. Fetzer)と共に約1年間共同議長を務めた。2006年11月中旬からその年の終わりまで、ジョーンズ、フェッツァー、そして他の一連の研究者と個人は、組織の方向性について紛争に巻き込まれることとなった。ジョーンズらは、フェッツァーとジュディ・ウッド(Judy Wood)の主張を調べることとなった。つまり、指向性エネルギー兵器またはミニ核[64] がWTCタワーを破壊したというものであり、それらを否定するための実験に基づいた理由を詳しく説明することとなった[65][要出典]。
ジョーンズは9/11真実と正義のための学者の会の委員会メンバーではないが、彼の仕事はその会によって管理され、文書化されている。2010年4月までで、会は800人を超える会員を持つまでに成長した[68][要出典]。現在、彼は9/11研究誌(Journal of 9/11 Studies)の共同編集者である[69]。
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