Fu direttore del dipartimento di studi religiosi dell'Accademia Polacca delle Scienze (Zakład Badań nad Religią - IFiS PAN); dal 1996 fu membro dell'American Academy in Rome[2]. Si formò nel clima di un prolungato dibattito con la Scuola di Roma di Storia delle religioni intrattenuto nel secondo Novecento in Polonia dall'Accademia delle Scienze. La sua produzione scientifica è focalizzata sui temi della rappresentazione religiosa ed europea della violenza e della morte.
Pubblicò testi in polacco e in altre lingue europee (inglese, francese, italiano, spagnolo, tedesco, portoghese, russo e ucraino). Fu autore di prefazioni e postfazioni a opere di teologi, filosofi, storici, romanzieri: Karen Armstrong, XIV Dalai Lama, Eugene Drewermann, Hans Küng, Jacques Le Goff, Margaret Starbird, Dan Brown e altri.
Opere principali
Emaus oraz inne spojrzenia do wnętrza Pisma [Emmaus e altro. Sguardi sulle Scritture], słowo/ obraz terytoria, Gdańsk 1998
Żywoty świętych poprawione [Le vite dei santi rivedute], W.A.B., Warszawa 2001
Śmierć i tekst. Sytuacja ostateczna w perspektywie słowa [La morte e il testo. La situazione ultima nella prospettiva della parola], słowo/ obraz terytoria, Gdańsk 2001
W świecie wszechmogącym. O przemocy, śmierci i Bogu [Nel mondo onnipotente. La violenza, la morte e Dio], W.A.B., Warszawa 2009
We władzy wisielca, t. 1: Z dziejów wyobraźni Zachodu [Il dominio dell'impiccato, vol. I, Dalle vicissitudini dell'immaginario occidentale], słowo/ obraz terytoria, Gdańsk 2012[3]
We władzy wisielca, t. 2: Ciemne moce, okrutne liturgie [Il dominio dell'impiccato, vol. II, Poteri oscuri, liturgie cruente], słowo/ obraz terytoria, Gdańsk 2014[4]
Intervista-fiume:
Jak błądzić skutecznie. Prof. Zbigniew Mikołejko w rozmowie z Dorotą Kowalską [Come errare in modo efficace? Prof. Zbigniew Mikołejko intervistato da Dorota Kowalska], Agora-Iskry, Warszawa 2013
