Fondata nel 1930 con il nome di Waterford Football Club e subito iscrittasi alla League of Ireland, vi militò ininterrottamente (salvo una parentesi tra il 1941 e il 1945) per molte stagioni, vincendo sei titoli nazionali tra il 1966 e il 1973. Nel 1982 ha assunto un nuovo assetto societario, cambiando denominazione in Waterford United Football Club. Dal 1993 disputa le partite interne al Waterford Regional Sports Centre, che sostituì il Klicohan Park.
All'inizio della stagione 2017 il club andò incontro a importanti cambiamenti nell'assetto societario con l'arrivo di Lee Power come nuovo proprietario. Il club cambiò nuovamente denominazione, tornando all'originale Waterford Football Club e cambiando anche lo stemma societario[1]. Al termine della stessa stagione 2017 il Waterford vinse il campionato di First Division, venendo promosso in League of Ireland Premier Division[2].
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