Il club venne fondato nel 2013 ed iscritto al gruppo 6 della Segunda División, secondo livello del calcio femminile spagnolo[1]. La prima stagione si concluse con la vittoria del raggruppamento con 22 vittorie su 22 partite disputate e l'accesso agli spareggi promozione: dopo aver eliminato l'El Olivo venne sconfitto in finale dal Fundación Albacete[1]. Nella stagione 2014-2015 concluse nuovamente il proprio girone al primo posto e a punteggio pieno, accedendo agli spareggi promozione: dopo aver eliminato il Levante Las Planas, sconfisse in finale il Real Betis, conquistando la promozione in Primera División[1]. La prima stagione in massima serie si concluse con un settimo posto, che consentì al Granadilla di accedere all'edizione 2016 della Coppa della Regina, venendo subito eliminato dal Valencia.
