Ha cominciato la propria carriera in patria, al Sydney United, nel 1989. Dopo otto stagioni è stato ceduto al Sanfrecce Hiroshima, squadra di J-League dove è rimasto per cinque anni. Scaduto il contratto, è andato a costo zero al Crystal Palace, divenendone il capitano nel 2005. Con gli Eagles ha preso parte a quattro stagioni di Football League e a una di Premiership. Nel giugno 2006, terminato il contratto col Palace, ha accettato l'offerta dell'Al-Arabi, trasferendosi nella Qatar Stars League.
Ha terminato l'attività agonistica l'anno seguente, giocando nel Sydney.
Nazionale
Popović ha esordito in nazionale nel 1991: in 15 anni ha messo a referto 58 presenze e 8 gol. Ha fatto parte dei 18 Olyroos alle Olimpiadi di Barcellona nel 1992. Nel 2006 ha rappresentato la sua nazione ai Mondiali in Germania: inizialmente titolare, si è infortunato nel secondo match della fase a gironi, quello contro il Brasile, e ha terminato anzitempo la rassegna iridata. Il 4 ottobre 2006 ha lasciato la nazionale.
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