La stazione contiene le due linee, ciascuna con il suo capolinea. La linea Higashiyama della metropolitana si trova in viadotto, mentre il treno a levitazione magnetica Linimo è in sotterranea.
Metropolitana
La stazione della linea Higashiyama possiede due banchine laterali con due binari passanti in viadotto. I treni una volta arrivati in questa stazione proseguono vuoti verso il deposito di Fujigaoka.
Linimo, una delle poche linee di treno a levitazione magnetica in servizio commerciale al mondo, ha il suo capolinea occidentale nella stazione di Fujigaoka. Sono presenti due binari con un marciapiede a isola in sotterranea, protetto da porte di banchina.
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