La nuova sede del museo è un edificio sotterraneo sito di fronte alla Alte Pinakothek, progettato dall'architetto Peter Böhm e ispirato a una stanza funeraria egizia. L'ingresso, che ricorda i piloni egizi, conduce a tre sale illuminate e di lì a stanze interrate illuminate solo in parte e organizzate tematicamente ("Il faraone", "La religione", "Il regno dei morti", e così via). Il nuovo museo ha 2200 m² di spazi espositivi: 1800 m² per le esposizioni permanenti e 400 m² per le mostre temporanee.
La nuova sede è stata aperta al pubblico l'11 giugno 2013; vi è stato esposto anche l'obelisco di Monaco, che in precedenza era collocato all'aperto di fronte alla Residenz.
Assieme alle collezioni di Hildesheim e dell'Ägyptisches Museum und Papyrussammlung di Berlino, la collezione egizia di Monaco è la più significativa della Germania. Vengono esposti oggetti di tutti i periodi egiziani fino alla cultura copta cristiana, come anche alcuni reperti archeologici delle civiltà vicine: Nubia, Assiria, Babilonia.
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