Fondata nel 1919, disputa le partite casalinghe allo Stadio Andrův stadion di Olomouc. I colori sociali sono il blu e il bianco. Ha partecipato ad una edizione della Coppa Mitropa, a otto edizioni della Coppa UEFA e a due edizioni della Coppa Intertoto.
Storia
Competizioni internazionali
Nel 1986 partecipa, arrivando quarta alla Coppa Mitropa, in semifinale perde 1-0 con il Pisa, squadra che vincerà poi la competizione, mentre nella finalina, la squadra cecoslovacca subisce una sconfitta per 3-2 da parte degli jugoslavi del HNK Rijeka. L'anno seguente si qualifica per la Coppa UEFA, questa volta l'eliminazione arriva ai trentaduesimi e nuovamente da parte dei vincitori del torneo: gli svedesi dell'IFK Göteborg (andata 1-1, ritorno 0-4).
I primi anni novanta del XX secolo sono gli anni più felici per il Sigma che partecipa con discreti risultati alla Coppa UEFA. Nella stagione 1991-1992 arriva infatti il miglior risultato di sempre. La squadra compie un cammino brillante eliminando i nordirlandesi del Bangor, i russi del Torpedo Mosca e agli ottavi i tedeschi dell'Amburgo. L'eliminazione giunge ai quarti di finale dopo una sconfitta per 1-0 subita fuori casa per mano del Real Madrid nella gara di ritorno. All'andata in Cecoslovacchia l'incontro era terminato 1-1.
Anche nella stagione seguente (1992-1993) il cammino è positivo, a farne le spese sono i rumeni dell'Universitatea Craiova, ma soprattutto i turchi del Fenerbahçe che dopo una vittoria per 1-0 all'andata vengono travolti 7-1 nel ritorno. L'eliminazione è però scottante infatti negli ottavi il Sigma subisce due sconfitte, la prima per 2-1 in casa all'Andrův e la seconda con un più sonoro 5-0 al Delle Alpi da parte della Juventus. L'apparizione successiva in Coppa UEFA arriva cinque anni più tardi nella stagione 1996-1997 nel turno di qualificazione quando la squadra esce eliminata per mano dei polacchi del Hutnik Kraków.
Nella stagione successiva, dopo il quarto posto in campionato, la squadra non si qualifica per le coppe europee. Il Sigma deve poi affrontare il campionato 2011-2012 con ben 9 punti di penalizzazione per corruzione, che lo relegano nelle parti basse della classifica. Il 2 maggio 2012 arriva lo storico successo nella Coppa della Repubblica Ceca: battendo in finale per uno a zero lo Sparta Praga, la squadra di Olomouc conquista il primo trofeo ufficiale in più 90 anni di attività. Il successo le dà diritto alla partecipazione alla prossima Europa League, ma il 20 giugno 2012 l'UEFA decide di sanzionarla per le vicende del 2009, escludendola dalla competizione.
Nella stagione 2017-18 chiudono al quarto posto in campionato, totalizzando 55 punti (uno in meno del terzo Jablonec): questo piazzamento permette al club di avere un posto per le qualificazioni di UEFA Europa League 2018-2019. Qui i cechi eliminano i kazaki del Kairat Almaty con una doppia vittoria, ma poi, ai playoff, si trovano davanti i favoriti del Siviglia; gli spagnoli, come da pronostico, eliminano il Sigma con due vittorie (1-0 in Repubblica Ceca e 3-0 in Spagna).
Cronologia dei nomi storici
1919 - FK Hejčín Olomouc (Fotbalový klub Hejčín Olomouc)
1920 - SK Hejčín Olomouc (Sportovní klub Hejčín Olomouc)
1947 – Hejčínský SK Banské a Hutní Olomouc (Hejčínský Sportovní klub Banské a Hutní Olomouc)
1948 – ZSJ BH Olomouc (Základní sportovní jednota Banské a Hutní Olomouc)
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