La stagione è divisa in due fasi: Apertura e Clausura. La prima si compone di un girone all'italiana iniziale, che seleziona le prime quattro, qualificate al girone per il titolo d'Apertura; le seconde quattro, qualificate al girone per la Coppa CONMEBOL; e le ultime quattro, qualificate al girone per la retrocessione. Il Clausura vede la divisione delle formazioni in due gruppi da 6. Le prime due d'ogni girone passano al girone finale, che permette sia la vittoria del titolo di Clausura che la qualificazione alla Coppa Libertadores. Le seconde due vengono incluse nel girone per la Coppa CONMEBOL; la vincitrice di tale girone si disputa la qualificazione con la vincitrice del medesimo girone nell'Apertura. Le vincitrici di Apertura e Clausura s'affrontano in un incontro decisivo che assegna il titolo di campione d'Ecuador 1998. Durante tutto il campionato non sono permessi pareggi, e ogni partita deve determinare un vincitore; pertanto, sono previsti i tiri di rigore in caso di parità al termine del tempo regolamentare. Le partite vinte ai rigori sono indicate dal numero di sinistra nella colonna "Nulle"; le partite perse sono indicate dal numero di destra.
