Nato nel 1955 in Thodupuzha, nel Kerala, India. Ha conseguito la laurea in scienze politiche nel 1977 presso la University of Kerala.Ha lavorato per la Afro-Asian Rural Reconstruction Organization. Nel 1982, abbandonò tale impegno per concentrarsi sulla Indian Rationalist Association e la pubblicazione dei suoi stessi scritti. Ha un diploma in giornalismo.
Noto al grande pubblico indiano ed internazionale per lo spettacolo televisivo ("The Great Tantra Challenge") del 3 marzo 2008, in cui sfido' in diretta uno stregone tantrico a dimostrare i suoi poteri uccidendolo con la sua magia.
La "cerimonia" durò circa due ore, dopodiché - di fronte al divertito Edamaruku - lo stregone dovette dichiararsi sconfitto.
Nel 2012 fu accusato di blasfemia per aver affermato la non miracolosità di un Gesù "piangente" a Mumbai (la causa era invece un tubo di drenaggio). Per tale ragione il 31 luglio 2012 Sanal Edamaruku decise di trasferirsi all'estero.
