La franchigia venne creata ad Ontario nell'aprile del 2017, assumendo il nome Ontario Clippers nel 2022. Dopo la stagione 2023-24, i Los Angeles Clippers hanno annunciato che avrebbero trasferito la squadra della G League nel sobborgo di Oceanside, a San Diego. A quel tempo, la squadra della G League fu ribattezzata San Diego Clippers, il nome che i Clippers avevano usato mentre giocavano nella città di San Diego dal 1978 al 1984.
Squadre NBA affiliate
Gli San Diego Clippers sono affiliati alle seguenti squadre NBA: i Los Angeles Clippers.