Aderì tiepidamente al nazismo, ma, nel 1941, la sua opera Johanna Balk fece infuriare Joseph Goebbels, che lo arruolò nell'esercito del Reich.
Wagner-Régeny trascorse la seconda guerra mondiale come burocrate militare e ne sopravvisse indenne. Ancora compositore di Prometheus (1959), collaborò anche con Bertolt Brecht.