Lindt nacque a Berna il 16 luglio 1855 dal farmacista e politico Johann Rudolf Lindt e sua moglie Amalia Eugenia Salchli.[3] Tra il 1873 e il 1875 fece un apprendistato presso l'azienda di cioccolato Amédée Kohler & Fils di Losanna,[3][4] che era allora gestita dai figli di Charles-Amédée Kohler. Nel 1879 Lindt fondò la sua impresa pressò Mattequartier, nella città vecchia di Berna.[4]
Nel mese di dicembre del 1879 Lindt sviluppò la concatrice, un dispositivo longitudinale che, mescolando il cioccolato, ne migliora la qualità conferendogli una consistenza più fine e privandolo degli odori più sgradevoli. Fu anche uno dei primi cioccolatai (benché non il primissimo)[5][6] ad aggiungere il burro di cacao alla sua massa. Queste due innovazioni portarono a migliorare sensibilmente la qualità del cioccolato svizzero.[7]
Nel 1899 Lindt vendette la sua azienda e il suo segreto processo del concaggio alla Chocolat Sprüngli AG, che da quel momento cambiò nome in Chocoladefabriken Lindt & Sprüngli AG.[8] La Sprüngli verso 1.5 milioni di franchi d'oro per i diritti di marketing e la ricetta.
