Dopo il ritiro dall'attività agonistica, avvenuto nel 2007, ha iniziato la propria carriera di allenatore sedendosi sulla panchina del Cannes, dove è rimasto per due stagioni, per poi diventare nel 2009 il nuovo allenatore del Digione, carica che ha ricoperto fino al 2012.
Nel luglio 2012 diventa l'allenatore della nazionale maliana, che guida alla conquista del terzo posto nella Coppa d'Africa 2013, battendo nella finale per il terzo posto il Ghana per 3-1.
Il 12 giugno 2018 è ingaggiato dagli egiziani dell'Al-Ahly, con cui firma un contratto biennale. Raggiunge la finale della CAF Champions League 2018, dove è superato dall'Espérance nel doppio confronto. Dopo l'eliminazione dalla Champions League araba, è esonerato il 23 novembre 2018.
Il 31 gennaio 2019 diviene l'allenatore del club marocchino del Raja Casablanca, che conduce alla vittoria della Supercoppa CAF grazie al successo contro i tunisini dell'Espérance. Riesce a qualificare la squadra alla fase a gironi di CAF Champions League, da cui il club marocchino mancava da vari anni. Dopo una serie di risultati negativi, viene esonerato nel novembre 2019.
Il 16 settembre 2020 diviene il nuovo allenatore dei sauditi dell'Al-Taawoun, che allena per una stagione, per poi tornare allo Zamalek il 12 marzo 2021. Nel 2020-2021 si aggiudica il campionato egiziano egiziano, vittoria che allo Zamalek mancava da sei anni.
Il 4 marzo 2022 firma per i sauditi dell'Al-Ettifaq, che allena fino al 26 febbraio 2023, quando viene ufficializzata la risoluzione consensuale del contratto con il club.
Il 16 giugno 2023 diviene l'allenatore dei qatarioti dell'Umm-Salal.
.svg){kind=small}
