La sezione femminile del Panathīnaïkos Athlītikos Omilos è nata nel 1969.
La squadra partecipa al massimo campionato greco dalla sua prima edizione, disputata nel 1971, ininterrottamente per 47 stagioni, fino all'annata 2016-17. In campo nazionale è l'assoluto dominatore, conquistando venticinque campionati (con un record di 7 successi consecutivi fra il 2004-05 e il 2010-11, battuto solo dalle rivali cittadine dell'Olympiakos negli anni '10) e sei Coppe di Grecia (per altrettanti double); in campo europeo, invece, non vanta risultati di rilievo se non una finale di Coppa delle Coppe nella edizione 1999-00, sconfitta dalla Sirio Perugia, ed una di Challenge Cup nell'annata 2008-2009 persa contro il Giannino Pieralisi di Jesi.
Nel luglio 2017 la polisportiva greca, alle prese con una difficile situazione economica, chiede invano una proroga dei termini per l'iscrizione della squadra di pallavolo femminile al campionato alla EOPE[1]; il 25 luglio, alla scadenza dei termini, la società non riesce a formalizzare l'iscrizione e viene pertanto esclusa dal campionato[2] senza poter partecipare a nessun'altra competizione sportiva e rimanendo di fatto inattiva per una stagione. L'anno successivo la squadra, formalmente considerata come prima retrocessa al termine della Volley League 2017-18, partecipa alla seconda serie nazionale[3], conquistando al termine dell'annata la promozione immediata in Volley League.
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