L'Open de Franche Comté 1999 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 1999. Il torneo si è giocato a Besançon in Francia dall'8 al 14 marzo 1999 su campi in cemento indoor.
Vincitori
Singolare
Ivan Ljubičić ha battuto in finale 
Lionel Roux 6-4, 6-2
Doppio
Juan Ignacio Carrasco / Jairo Velasco, Jr. hanno battuto in finale 
Martín García / 
Cristiano Testa 6-1, 7-6
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