La società viene fondata nel luglio 1907 a Zelina (nell'allora Impero austro-ungarico), una cittadina situata sulla strada Zagabria–Varaždin, precisamente nella capanna di Grčević, come polisportiva "Ferijalni klub", con il calcio come sport principale. Fra i presenti, il più maturo Radoslav Grčević è stato eletto presidente, il più serio, Ivica Horvatić, segretario, il più istruito il tesoriere Branko Vuđan ed il più veloce e agile Lujo Rac come capitano della squadra. Tra gli altri fondatori si ricordano Vilko Paldi, Vatroslav Celinić ed Ivan Romanić. Le prime divise sono bianche e vengono cucite dalle madri e sorelle dei calciatori, mentre scarpe da gioco e palla vengono acquistate dal rivenditore di attrezzature sportive Emanuel Fiedler di Praga.[1]
La prima partita si disputa a metà agosto 1907 sul campo di Vardešćica contro il ŠK Viktorija di Križevci (vittoria dello Zelina per 4–0 di fronte a 300 spettatori, quaterna di Lujo Rac). Nello stesso anno si gioca anche il ritorno a Križevci e ne consegue un'altra vittoria dello Zelina per 3–1.[1]
Nel 1911 viene formata anche una formazione giovanile. La nuova gestione del club viene eletta nel 1912, presieduta da Ivica Horvatić come presidente, mentre Josip Zdunić è il segretario, Branko Vuđan il tesoriere e Vjekoslav Vuđan il revisore del club.[1]
Nel 2007, in occasione del 100º anniversario del club, lo Zelina si qualifica per la coppa di Croazia, la sconfitta 0–4 di fronte al Rijeka non rovina la festa.[1]
Nel 2012 viene promosso fra i professionisti in Druga HNL ma l'impegno diviene troppo oneroso, infatti già nel 2015 si ritrova in Četvrta HNL.