Il NK Rudeš viene fondato a Zagabria nel 1957. Il primo presidente è D. Šantek e gli altri fondatori sono Z. Ivanko, J. Ciglenečki, V. Bartolec, D. Brekaza, D. Vlahek, B. Molnar, S. Sedlar, B. Špiljar, V. Krčelić, L. Belovari, I. Požeg, S. Kovačić, I. Vorih, M. Kolman, I. Krleža e M. Siročić.
I migliori risultati: il primo posto nella 1ª lega di Zagabria (2003) ed il piazzamento nella 3. HNL e nella zona di Zagabria (1963) e vincendo la coppa della sottofederazione di Zagabria.
I giocatori di maggior successo: I. (Hajba) Šantek, J. (Žaja) Šantek, I. Šantek, J. (Jaja) Šantek, Z. Mesiček, M. Cesar, M. Vujanić, I. Krleža, B. Fistrić, V. Frančić, F. Pužin, I. Knežević, Mamić, Hruška.
I dirigenti degni di menzione: J. Ciglenečki, Z. Ivanko, V. Gržanić, D. Pipić, Lj. Hunjak, I. Tomšić, B. Momčilović, S. Kovačić, R. Šantek, R. Požeg, I. Tenšek, V. Vranesić, M. Vešligaj, I. Čerkez.[1]
Durante gli anni della Jugoslavia socialista milita sempre nei campionati minori della zona di Zagabria, ed anche nei primi 20 anni della Croazia indipendente non va oltre la terza divisione. Nel 2009 raggiunge la seconda divisione e vi rimane stabile ai piani alti fino al 2017 quando, vincendo il campionato cadetto, ottiene la promozione in Prva liga.
Nella massima divisione rimane per due stagioni; da allora è in Druga liga.
Nel maggio 2017, il Rudeš stipula un contratto decennale con gli spagnoli del Alavés, divenendone una squadra satellite. Comunque l'accordo è stato disdetto dopo un anno.[2]
Il club disputa le partite interne allo Športski centar Rudeš, un centro sportivo sito in Rudeška cesta 25, a Zagabria. Il centro calcistico è composto da 3 campi da calcio in erba artificiale le cui dimensioni sono: 100x66m, 40x20m e 24x12m.[3][4]
Lo ŠC Rudeš non soddisfa i requisiti per essere utilizzato nella massima serie croata, quindi nelle due stagioni in cui hanno militato in Prva liga, i biancoazzurri hanno dovuto disputare le partite casalinghe allo Stadio Kranjčevićeva.
