Il 15 agosto 1993 la nazionale femminile lituana giocò a Kaunas la sua prima partita, persa 0-11 contro la Danimarca e valida per le qualificazioni al campionato europeo 1995[2]. Il 13 ottobre successivo pareggiò 1-1 con la Bulgaria, ottenendo l'unico punto del girone di qualificazione[3]. Dal 1996 ha preso parte alla Coppa del Baltico, vincendo l'edizione inaugurale del 1996 e altre quattro edizioni[4]. Nel 1999 partecipò per la prima volta alle qualificazioni al campionato mondiale, vincendo solo una partita contro l'Estonia nel gruppo 5 della Classe B[5].
Dopo aver mancato le tre edizioni successive, prese parte alle qualificazioni al campionato europeo 2009, senza riuscire a superare il turno preliminare, e ottenendo analogo esito anche nelle due edizioni successive. Con la partecipazione alle qualificazioni al campionato mondiale 2015 la Lituania tornò a competere per la fase finale della Coppa del Mondo dopo aver mancato tre edizioni di fila. Sia in questa che nell'edizione successiva non riuscì a passare il turno preliminare.