In seguito, insegna al seminario vescovile di Crema, del quale nel 1958 assume l'incarico di rettore. Nella sua diocesi di origine ha presieduto sin dalla sua fondazione la Commissione Liturgica seguendo l'attuazione della riforma liturgica di Paolo VI.
Nominato vicepresidente della Conferenza Episcopale Italiana il 5 luglio 1979, fu confermato il 30 aprile 1982 e nuovamente il 29 maggio 1985,[1] rimanendo in carica fino al 15 maggio 1990.
Nel 1986 fu eletto delegato della Conferenza Episcopale Italiana[2] alla Settima Assemblea Generale Ordinaria del Sinodo dei Vescovi su La vocazione e la missione dei laici nella Chiesa e nel mondo (1-31 ottobre 1987).[3] Nel 1989 fu eletto delegato della Conferenza Episcopale Italiana[4] all'Ottava Assemblea Generale del Sinodo dei Vescovi su La formazione dei sacerdoti nelle circostanze attuali (30 settembre - 28 ottobre 1990).[5]
Il 3 marzo 2002 accoglie il suo successore, il patriarca Angelo Scola.
Dopo la morte di Giovanni Paolo II partecipa al conclave che eleggerà al quarto scrutinio il cardinale Joseph Ratzinger, papa Benedetto XVI; durante il conclave è il decano anagrafico del Collegio cardinalizio, ovvero il più anziano di tutti i cardinali elettori.
Ricoverato all'Ospedale civile di Venezia per la frattura di un femore, si spegne il 12 maggio 2014 all'età di 88 anni.[7][8] Dopo le esequie, la salma è stata tumulata nella cripta della basilica di San Marco.[9]
Giovanni Vian, Testimoniare il Vangelo nella società secolarizzata. Il patriarca Marco Cè e la chiesa cattolica veneziana negli anni 1978-2000, in Sposa e pastore. Oltre vent'anni di chiesa veneziana (1978-2000), Gorle (BG), Servitium, (Quaderni di Sant'Erasmo, 1), 2001, pp. 7–174. ISBN 9788881661510
Fausto Bonini, Paolo Favaretto (a cura di), Marco Cè: vescovo, padre e fratello. Patriarca per 23 anni nella Diocesi di Venezia, Mestre, Edizioni Cid, 2002.
Marco, Patriarca amato da tutti, Mestre, CID, Gente Veneta, 2015. ISBN 9788890265426
Giovanni Vian, Corresponsabilità dei laici nella «sinfonia» ecclesiale e nella testimonianza del Vangelo. L’Ac nella prospettiva dell’assistente generale Marco Cé (1976-1979), in Francesco Sportelli, Giovanni Vian (a cura di), «Un servizio unico e irrinunciabile» Il ruolo degli assistenti nella storia dell’Azione cattolica italiana, Roma, Fondazione Apostolicam Actuositatem - Editrice AVE, 2019, pp. 125–142. ISBN 978-88-3271-186-8
