Nel 1912 si arruolò nell'esercito ellenico e servì come cappellano durante le guerre balcaniche. Il 20 marzo 1917 fu eletto vescovo di Kyrenia.
Dopo i disordini dell'ottobre 1931, Makarios fu esiliato dall'amministrazione britannica. Rimase a Pangrati, ad Atene, durante la Seconda Guerra Mondiale e tornò a Cipro il 22 dicembre 1946.
Makarios II fu eletto arcivescovo di Cipro, senza avversari, il 24 dicembre 1947. Morì il 28 giugno 1950 e gli succedette Makarios III.