La Liechtensteiner-Cup 1998-1999 è stata la 54ª edizione della coppa nazionale del Liechtenstein conclusa con la vittoria finale del Vaduz, al suo ventottesimo titolo.
Della competizione è noto solo il risultato della finale.
Finale
Vaduz | Vaduz | 3 – 2 | FC Balzers | |
| Martin Stocklasa 10’ Daniele Polverino 73’ 81’ | Marcatori | 20’ Marco Büchel 44’ Riederer |
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