Iniziò nel Chacabuco, squadra argentina di categorie inferiori, e passò nel 1920 all'Huracan dove giocò 191 partite in campionato segnando 5 gol[1] e 3 partite con 1 gol in Copa Argentina[1], inoltre totalizzò 5 presenze con un gol in Copa Competencia[1], 2 presenze in Copa de Honor e 5 in Copa Estimulo[1], per un totale di 207 partite e 7 gol nella sua carriera in Argentina[1] dove ha vinto 4 campionati nel 1921, 1922, 1925 e 1928, più una Coppa nel 1925[1].
Emigrò assieme a Stábile per andare a giocare nel Genoa dove divenne un giocatore professionista.
Il terzino ex Huracán, soprannominato El Negro[1], o El Moro[2], venne acquistato il 14 novembre[2] e arrivò a Genova con un ingaggio della ragguardevole (per l'epoca) cifra di 4 000 lire mensili[2].
Juan Pratto esordisce[2] nel Genoa nel 1930 nella partita amichevole di Natale a Marassi contro il Ferencvaros, vinta dai rossoblu per 3-1 sui biancoverdi, con due reti di Levratto e una di Stabile.
Pratto dimostrò subito grandi doti tecniche, rivelandosi un elemento adatto a puntellare la difesa; fa il suo esordio in campionato l'11 gennaio 1931 a Marassi contro la Roma[2], gioca per 6 anni a Genova segnando 1 gol[3] nel campionato 1932-33[1].
Ritornato in patria muore il 9 luglio 1939 dopo essersi sentito male durante una partita tra ex-calciatori.[4]
