Bautista è stato miglior battitore di fuoricampo della American League nel 2010 e nel 2011 ed è il primatista nella storia dei Blue Jays in fuoricampo in una singola stagione (54).
Il 18 aprile 2018, Bautista firmò un contratto di minor league con gli Atlanta Braves.[2] Il 4 maggio, i Braves annunciarono che Bautista, sarebbe stato impiegato in major league come terza base a partire dal primo scontro, della serie di tre contro i San Francisco Giants. Il 12 maggio 2018, Bautista colpì il suo primo fuoricampo con i Braves.[3] Il 20 maggio fu svincolato dalla squadra.[4] Il 22 maggio, Bautista firmò un contratto valido un anno con i New York Mets.[5] Il 28 agosto i Mets scambiarono Bautista con i Philadelphia Phillies in cambio di un giocatore da nominare in seguito.[6]
Nel 2023 ha siglato un contratto di un giorno con i Toronto Blue Jays per poi ritirarsi.[7]
