Fu un sacerdote liberale che comandò il movimento indipendentista del Messico dalla morte di Miguel Hidalgo y Costilla fino a quando venne processato dall'inquisizione e venne fucilato dall'esercito spagnolo.
Morelos allora chiese a Hidalgo di unirsi alle proprie truppe, ma il Generalisimo gli diede l'ordine di raccogliere uomini e prendere la città di Acapulco, così da impedire le comunicazioni con le Filippine.
Alla morte di Hidalgo, Morelos prese il controllo dell'esercito rivoluzionario e riuscì a sconfiggere più volte l'esercito spagnolo.
Il 13 settembre 1813 presentò al congresso di Chilpancingo il proprio documento chiamato i Sentimenti della Nazione; questo doveva essere la base per la prima Costituzione del Messico libero. Il congresso gli offrì il titolo di generalissimo e quello di Sua altezza serenissima, ma egli rifiutò, chiedendo di essere chiamato Servo della nazione.
Dopo alcune sconfitte, fu fatto prigioniero e fucilato il 22 dicembre del 1815 a San Cristóbal Ecatepec.