Il padre era un albergatore. Fino al 1613, frequentò la scuola di latino di Guben. Poi viaggiò a Sorau, Breslavia e alla fine a Ratisbona, dove ricevette le prime lezioni di musica da Paulus Homberger. Nel 1615 andò a Berlino e poi all'Università di Wittenberg nel 1620, dove studiò teologia. Due anni più tardi fu nominato cantore della chiesa di San Nicola, a Berlino.
Crüger compose numerosi concerti e scrisse estensivamente di educazione musicale.
Nel 1647 scrisse il più importante innario luterano del XVII secolo, Praxis pietatis melica.
