Jeanne era figlia di S. Alonzo Lee, un cantante di concerti e musiche religiose, il cui lavoro la influenzò durante i suoi primi anni. La sua formazione avvenne prima in una scuola privata e successivamente al Bard College, nella Contea di Dutchess, dove studiò psicologia infantile[1], letteratura e danza. Durante gli anni del college aveva creato coreografie per pezzi di vari compositori classici e jazz, che vanno da Johann Sebastian Bach ad Arnold Schönberg. Nel 1961 conseguì il Bachelor of Arts. Nello stesso anno si esibì in duo con il pianista Ran Blake, suo compagno di studi al Bard College, al concorso per dilettanti organizzato dall'Apollo Theater. Vinsero il concorso e in seguito registrarono il primo album, intitolato The Newest Sound Around,[1] che ebbe una notevole popolarità in Europa, dove Lee e Blake furono in tournée nel 1963, ma che passò inosservato negli Stati Uniti[2]. In questo periodo, la principale ispiratrice di Jeanne Lee era Abbey Lincoln[3].
Durante la metà degli anni '60 Jeanne Lee esplorò diversi approcci multidisciplinari all'arte come la poesia sonora, gli happening, i modelli influenzati da Fluxus e altri. Fu brevemente sposata con il poeta sonoro David Hazelton e compose musica per la poesia sonora di poeti come Dick Higgins e Alison Knowles, divenendo attiva nella scena artistica della California del tempo. Alla fine degli anni '60 tornò alla scena jazz e cominciò a suonare e registrare, dimostrandosi rapidamente come una degli artisti più indipendenti e creativi del settore. Appena pochi anni dopo il suo ritorno ebbe un ruolo importante in Escalator over the Hill (1971), opera magna di Carla Bley, e registrò album con musicisti eminenti tra cui Archie Shepp e Marion Brown. Nel 1967, mentre si trovava in Europa, Jeanne Lee iniziò una lunga collaborazione con il vibrafonista e il compositore Gunter Hampel, con il quale infine si sposò. Insieme ebbero un figlio, Ruomi Lee-Hampel e una figlia, Cavana Lee-Hampel.
Nel 1976 rappresentò la tradizione musicale spirituale afroamericana nella composizione Apartment House 1776 di John Cage, composta in occasione del bicentenario degli Stati Uniti d'America. L'esperienza le ispirò una maggiore attenzione verso la composizione e la creazione di opere estese, che la portò nell'immediato alla realizzazione di un oratorio jazz intitolato Prayer for Our Time.
Jeanne Lee continuò ad esibirsi e a produrre incisioni fino alla sua morte nel 2000, registrando per etichette come Birth, BYG Actuel, JCOA, ECM Records, Black Saint/Soul Note, OWL e Horo. Inoltre collaborava come cantante in un gran numero di album di Gunter Hampel. Negli ultimi anni dirigeva il Jeanne Lee Ensemble, che eseguiva una fusione di poesia, musica e danza, e collaborava con il pianista Mal Waldron.
Jeanne Lee fu anche una educatrice. Aveva conseguito un Master in Educazione presso l'Università di New York nel 1972 e insegnò presso varie istituzioni, sia negli Stati Uniti che in Europa. Pubblicò una serie di brevi contributi sulla musica per il New York Amsterdam News e vari scritti educativi, tra cui un libro di testo scolastico sulla storia della musica jazz[4].
Jeanne Lee è morta di cancro a 61 anni nel 2000 a Tijuana in Messico[5].
