Rivelò fin da giovanissimo un'abilità particolare nella raffigurazione delle specie, talento che incrementò con l'avanzare degli anni. Le sue prime pubblicazioni risalgono al 1784. Soggiornò in Ucraina e a Vienna a partire dal 1789.
Passò alla storia come uno dei primi studiosi ad essersi occupato degli insetti europei, ed in particolar modo dei lepidotteri. Hübner fu tra l'altro l'autore di Sammlung Europäischer Schmetterlinge (1796-1805), un'opera fondamentale per l'entomologia moderna.
Illustrazione di J.Hübner tratta da Das kleine Schmetterlingsbuch
Nei suoi lavori, ricchi di dettagliate illustrazioni, pose l'accento sulle diverse fasi di sviluppo delle specie, e fornì un contributo fondamentale alla sistematica moderna. La sua opera è immane: su 1952 tavole di grande formato, raffigurò 3598 specie di farfalle, per un totale di circa 10.000 singole illustrazioni. Tuttavia il suo Tentamen, inteso dall'autore come opera dialettica, una volta pubblicato per errore, portò ad una confusione nella tassonomia successiva delle specie.
Geschichte europaischer schmetterlinge (Storia delle farfalle europee) (1806-1838).
Tentamen determinsationis, digestionis atque demonationis singularum stirpium Lepidopterorum, peritis ad inspiciendum et dijudicandum communicatum (1806).
Zuträge zur Sammlung exotischer Schmettlinge [!], bestehend in Bekundigung einzelner Fliegmuster neuer oder rarer nichteuropäischer Gattungen. Augsburg, Jacob Hübner, 49 pp. (1819).
Systematisch-alphabetisches Verzeichnis aller bisher bey den Fürbildungen zur Sammlung europäischer Schmetterlinge angegebenen Gattungsbenennungen (1822)
Bibliografia
Hemming; Hübner: A bibliographical and systematic account of the entomological works of Jacob Hübner, and of the supplements thereto by Carl Geyer, Gottfried Franz von Frölich, and Gottlieb August Wilhelm Herrich-Schäffer. London: Royal Entomological Society of London, 1937. 2 volumes.
Von der Natur fasziniert ... Frühe Augsburger Naturforscher und ihre Bilder (Jacob Hübner, Gottlieb Tobias Wilhelm, Christian Friedrich Freyer, Johann Friedrich Leu, Jakob Friedrich Caflisch, Andreas Wiedemann), herausgegeben von Eberhard Pfeuffer, Augsburg: Wißner-Verlag 2003, ISBN 978-3-89639-392-0