Nel marzo 1938, dopo l'Anschluss, l'annessione dell'Austria alla Germania per formare la Grande Germania, Fischböck fu nominato prima ministro dell'economia e successivamente, nel maggio 1938 ministro dell'economia e finanze dell'Austria. In questo ruolo assunse responsabilità di primo piano nell'espropriazione dei beni di proprietà degli ebrei. Dopo l'invasione tedesca dei Paesi Bassi, Arthur Seyss-Inquart, appena nominato Reichskommissar, lo scelse quale suo ministro dell'economia e finanze dei Paesi Bassi occupati, carica che ricoprì fino alla resa tedesca nel maggio 1945. Fu il diretto responsabile dell'espropriazione dei beni di proprietà degli ebrei dei Paesi Bassi e della promulgazione dell'Arbeitseinsatz, ovvero la coercizione dei civili per i lavori forzati, attraverso la quale si obbligava ogni uomo olandese di età compresa tra i 18 ed i 45 anni a lavorare nelle industrie belliche a servizio dell'invasore tedesco.
Dopo la capitolazione tedesca, Fischböck riuscì, con l'aiuto dell'organizzazione ODESSA, a fuggire in Argentina. Dopo la guerra, fu imputato di crimini di guerra, ma prevalse l'incertezza sul suo operato, e le imputazioni a suo carico, nel 1957, caddero sotto un'amnistia. Nel 1958 ritornò in Germania dove visse fino alla morte nel 1967.
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