Ha un fratello, Wolfgang, anch'egli calciatore e poi allenatore.
Carriera
Funkel nel 2012
Allena il Duisburg dal 13 maggio 1996 al 24 marzo 2000, ottenendo 56 vittorie, 47 pareggi e 59 sconfitte. In seguito siede sulla panchina dell'Hansa Rostock dal 19 settembre 2000 al 1º dicembre 2001, con un bilancio di 13 vittorie, 10 pareggi e 22 sconfitte. Allena poi il Colonia dal 14 febbraio 2002 al 30 ottobre 2003, con 29 vittorie, 15 pareggi e 19 sconfitte.
Nell'estate del 2004 passa alla guida dell'Eintracht Francoforte, dove rimane sino al 1º luglio 2009. Alla prima stagione in carica ottiene la promozione in Bundesliga e l'anno dopo la salvezza in massima serie e la finale di Coppa di Germania, persa contro il Bayern Monaco, ma valida, in virtù della vittoria del campionato da parte dei bavaresi, per la qualificazione alla Coppa UEFA 2006-2007. Per la prima volta dopo dodici anni il club del Meno gioca dunque la Coppa UEFA, dove supera il preliminare, ma si ferma nella fase a gironi. Insieme con Erich Ribbeck è l'allenatore che più a lungo ha seduto sulla panchina dell'Eintracht Francoforte (cinque anni). Il bilancio sulla panchina dell'Eintracht è di 70 vittorie, 50 pareggi e 74 sconfitte.
Il 3 ottobre 2009 subentra sulla panchina dell'Hertha Berlino dopo l'esonero di Lucien Favre. Non riesce ad evitare la retrocessione del club berlinese in Zweite Bundesliga e ottiene la rescissione consensuale del contratto, dopo 7 vittorie, 10 pareggi e 16 sconfitte.
Il 22 maggio 2010 è nominato nuovo allenatore del Bochum, con decorrenza dal 1º luglio seguente. Esordisce battendo per 3-0 il Kickers Offenbach nel primo turno della DFB-Pokal. Il 14 settembre 2011 viene esonerato dopo quattordici mesi, dopo la sconfitta contro la Dinamo Dresda (2-1). Il suo bilancio sulla panchina del Bochum è di 21 vittorie, 8 pareggi e 16 sconfitte.
Il 20 settembre 2011 Funkel diventa l'allenatore dell'Alemannia Aquisgrana. Viene esonerato il 1º aprile 2012, dopo una serie di cinque sconfitte consecutive. Il bilancio è di 3 vittorie, 8 pareggi e 9 sconfitte in 20 partite.
Il 7 settembre 2013 viene nominato allenatore del Monaco 1860, con cui esordisce il 13 settembre pareggiando per 0-0 contro l'Aalen. Il 2 aprile 2014 il club annuncia la separazione dal tecnico alla fine della stagione per divergenze di vedute, ma già il 6 aprile l'allenatore è esonerato dopo la sconfitta casalinga per 0-3 contro il Karlsruhe. Alla guida del Monaco 1860 ottiene 7 vittorie, 8 pareggi e 9 sconfitte in 24 partite.
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