Hutton sposò Annie Gouger Montgomerie nel 1863, e nel 1866 si dimise dalla Società Geologica per trasferirsi in Nuova Zelanda con la moglie e i due figli, ai quali presto se ne sarebbero aggiunti altri quattro. In un primo momento vissero nella regione del Waikato, dove Hutton stesso cercò fortuna nella lavorazione del lino; nello stesso anno, tuttavia, tornò agli studi geologici e si unì alla Geological Survey della Nuova Zelanda, per conto della quale, nel 1874, venne eletto Geologo Provinciale della regione dell'Otago. Nello stesso periodo, divenne lettore universitario presso l'Università dell'Otago e curatore del museo locale. Nel 1880 Hutton divenne professore di biologia al Collegio di Canterbury e venne nominato Membro della Royal Society nel 1892. L'anno seguente divenne anche curatore del Museo di Canterbury. Negli ultimi anni della sua vita, fu presidente dell'Unione Ornitologica Reale dell'Australasia e della Royal Society della Nuova Zelanda. Nel 1891 ricevette la Medaglia Clarke dalla Royal Society del Nuovo Galles del Sud.
