Figlio unico del conduttore televisivo Freddie Prinze e Katherine Elaine Cochran, cresce nel Nuovo Messico con la madre e la nonna dopo il suicidio del padre avvenuto quando aveva appena dieci mesi e perciò crebbe senza una figura paterna accanto.[1] Frequenta l'Albuquerque Children's Theater e successivamente si trasferisce a Los Angeles per realizzare il suo sogno di diventare attore. È cattolico e parla spagnolo. Debutta nel 1996 nel film A Gillian, per il suo compleanno al fianco di Michelle Pfeiffer, seguito da La casa del sì con Parker Posey, successivamente recita negli horror giovanili So cosa hai fatto e Incubo finale. È famoso soprattutto per l'interpretazione di Zach Siler in Kiss Me. Ha recitato a fianco della moglie in Scooby-Doo del 2002 e il seguito del 2004 interpretando Fred Jones.
Nel 2010 ha interpretato Cole Ortiz nella ottava stagione della serie televisiva 24. Anni dopo, nel 2014, ha dichiarato alla ABC: "Ho fatto 24, è stato terribile. Ho odiato ogni momento. Dopo aver finito, volevo solo abbandonare la carriera. Così, mi sono più o meno fermato".[2] Dal 2010 al 2014 ha interpretato gli ultimi ruoli come attore in serie televisive di prestigio: nel 2010 Dennis Gogolack nella serie Psych, nel 2012 Noah nel film per la TV Happy Valley, nel 2013 come Leo Wingate negli episodi 4 e 5 della prima stagione de Le streghe dell'East End ed infine nel 2014 come Danny Beck nella serie Bones (stagione 9, episodi 16 e 17).
Wrestling
Prinze è un fan della WWE e fu inquadrato tra il pubblico durante la cerimonia per la Hall of Fame del 2008 e nel corso di WrestleMania 24. Ha inoltre effettuato un cameo durante una puntata di The Dirt Sheet, un programma in onda su internet presentato da John Morrison e The Miz;[3] ha inoltre creato un profilo nella comunità di blog "Fan Nation" della WWE, dove scrive regolarmente. Il 28 luglio 2008 fu annunciato il suo ingresso tra gli sceneggiatori della WWE, da cui è stato però in seguito allontanato dopo nemmeno un anno.[4] Il 17 agosto ha partecipato alla puntata di Raw come ospite speciale: ricoprì il ruolo di general manager e nella stessa puntata fu colpito da Randy Orton.
Vita privata
Dal 1º settembre del 2002 è sposato con l'attrice Sarah Michelle Gellar; la coppia ha due figli.
Il 7 giugno 2016 pubblica il suo primo libro di cucina intitolato Back to The Kitchen. La prefazione del libro è stata fatta dalla moglie Sarah e all'interno si trovano racconti e foto della loro famiglia.