I fonemi /t/, /d/ e /n/ sono dentali: [t̪], [d̪] e [n̪] rispettivamente[1].
L'occlusiva /g/ ha un allofono nasale [ŋ] davanti a /n/: /ˈdignus/ [ˈdiŋnus] "degno"[2].
La nasale dentale /n/ ha un allofono velare [ŋ] davanti a /k/ e /g/: /anguis/ [aŋgʷwis][2].
Il fonema /l/ presentava due allofoni: [lʲ] in posizione iniziale di parola, davanti ad /i/, /iː/ o se geminata /ll/; [l̴] all'interno di parola davanti a tutte le altre vocali o se seguita da consonante[3].
Vocali
Le vocali presentano una distinzione di lunghezza, così come in italiano lo fanno le consonanti singole e doppie; in latino possono essere brevi ([a, i, ɛ, ɔ, u, y]) o lunghe ([aː, ɛː, iː, ɔː, uː, yː]).
A differenza di quanto si è creduto in passato, la qualità delle vocali non differisce tra lunghe e brevi: ancora oggi in alcuni dialetti sardi settentrionali e nei dialetti dell'area arcaica calabro-lucana, considerati lingue neolatine dalla fonetica meglio conservata dall'età classica oggi, lo stesso sistema vocalico in uso nell'età classica rimane tuttora immutato (eccetto per i foni non nativi [y, yː]).[4]
Un altro sistema vocalico con distinzione nella qualità vocalica tra brevi e lunghe esisteva tuttavia tra i ceti meno colti della popolazione, in particolare in quello rustico, le lettere brevi “i” e “u” venivano rese rispettivamente con le vocali chiuse [e] ed [o] (es: anĭma → [ˈänemä] al posto di [ˈänimä], colŭmna → [kɔˈɫ̪omnä] al posto di [kɔˈɫ̪umnä]). Inoltre, i dittonghi /ae̯/ e /oe̯/ venivano resi in [ɛː], mentre /au̯/ mutò in [ɔː].
Qui di seguito si espongono i mutamenti fonetici e fonologici che dal sistema fonologico del protoindoeuropeo hanno prodotto il sistema fonologico del latino.
Consonanti
Le consonanti indoeuropee rimasero sostanzialmente invariate, a parte alcuni casi come le occlusive sonore aspirate che mutarono radicalmente.
Semiconsonanti. Le semiconsonanti subirono i seguenti mutamenti:
*/j/ → /j/ in posizione iniziale, → /i/ dopo consonante, e cade tra due vocali, es: *jugom → iugum, *medʰjos → medius, *trejes → trēs
Occlusive. Le consonanti occlusive sono quelle che subirono i mutamenti più evidenti nel sistema consonantico, nonostante buona parte di esse rimase invariata:
*/bʰ/ → /f/ in posizione iniziale, → /b/ in posizione centrale, es: *bʰer- → ferō, *albʰo- → albus
*/t/ → /t/, → /d/ in posizione finale dopo vocale, cade in posizione finale dopo consonante, e */tl/ → /cl/, es: *trejes → trēs, *fecet → feced (forma arcaica), *lact → lac, *saitlom → saeclum
*/d → /d/, cade però in posizione finale dopo vocale lunga e dopo consonante, inoltre in alcuni termini tende a presentarsi come variante di /l/, es: *domos → domus, *lupōd → lupō, *cord → cor, dingua ↔ lingua
*/dʰ/ → /f/ in posizione iniziale, → /d/ in posizione centrale, → /b/ in posizione centrale dopo [r], es: *dʰūmos → fūmus, *ajdʰ- → aedes, *werdʰo- → verbum
*/k/ → /k/ (in cui confluisce anche la palatale */ḱ/), es: *kṛd → cor, *ḱṃtom → centum
*/g/ → /g/ (in cui confluisce anche la palatale */ģ/), es: *agō → agō
*/gʰ/ → /h/, → /g/ dopo [ŋ], → /f/ prima di [u], es: *gʰostis → hostis, *angʰ- → angustus, *gʰu- → fundō
*/kʷ/ → [kʷ] (scritta QV) in posizione iniziale, → /k/ davanti a consonante, mentre cade tra due consonanti, es: *kʷi-/kʷo- → quis/quod, *wōkʷs → vōx, *kʷenkʷto- → quintus
*/gʷ/ → /w/ (scritta V), → /g/ davanti a [l] e /[r], mentre si conserva davanti a [ŋ], es: *gʷiwos → vivus, *ṇgʷēn → inguen
*/qʷʰ/ → /f/ in posizione iniziale e prima di [r], → /w/ in posizione intervocalica, → /gu/ in posizione centrale dopo [ŋ], es: *gʷʰomo- → formus, *snigʷʰṃ → nivem, *sningʷʰeti → ninguit
Spiranti. L'unica spirante riconosciuta per l'indoeuropeo comune subisce in latino profondi cambiamenti:
*/s/ → /s/ in posizione iniziale e finale, → [z] → /r/ in posizione intervocalica (fenomeno detto rotacismo), → [z] → /∅/ se si presenta prima di una consonante sonora, /ss/ → /s/, mentre /sr/ → /fr/ in posizione iniziale e → /br/ in posizione centrale, es: *seno- → senex, *genos → genus, *flōsem → flōrem (nom. flōs), *prīsmos → primus, *caussa → causa (parole come *rosa non risentono del rotacismo perché rappresentano prestiti entrati dopo la fine del fenomeno), *dʰojnesris → fūnebris
Vocali
Vocali toniche. Il vocalismo latino sotto accentazione si dimostrò molto conservativo rispetto all'originale fonetica indoeuropea, anche se le vocali poterono essere influenzate dalla consonante successiva.
Vocali atone. Le vocali atone subirono in latino notevoli mutamenti, poiché tendevano a chiudersi sistematicamente verso un solo timbro vocalico (apofonia latina) o a cadere (sincope).
In sillaba aperta (terminante in vocale) interna tutte le vocali brevi tesero verso → /i/, ad eccezione di quando si trovavano davanti a /ł/, quando tendevano a → /u/, mentre davanti ad /r/ tendevano a → /e/:
faciō - conficiō, novus - novitās, legō - colligō
similis / simulāre
*cinises / cineris
In sillaba chiusa (terminante in consonante) interna si ebbero i seguenti mutamenti:
