Nel 1811 si recò in Croazia per svolgere la professione di insegnante d'arte. Tornato a Vienna tre anni dopo, iniziò a migliorare le proprie abilità ricopiando i capolavori dei più grandi maestri. Waldmüller indirizzò quindi il suo interesse alla natura e iniziò a dipingere paesaggi, di cui divenne maestro.
Nel 1823 realizzò uno degli ultimi ritratti di Ludwig van Beethoven, di cui l'originale è andato perduto.
Divenne professore dell'Accademia di belle arti di Vienna, dove però mantenne un atteggiamento critico, soprattutto in merito al ruolo che egli avrebbe voluto dare allo studio della natura.
