Nel 1959 il Deportes Caldas si fuse con l'Once Deportivo e originò la Corporación Deportiva Once Caldas, nota semplicemente come Once Caldas; nel 1961 il nuovo club debuttò nel campionato nazionale, ottenendo un settimo posto.
Nel 1998 l'Once Caldas si classificò seconda nel campionato colombiano. Giunta in finale, fu sconfitta dal Deportivo Cali, che vinse grazie al successo per 4-0 in casa nella gara di andata e al pareggio a reti bianche nella partita di ritorno a Manizales. In quell'anno l'Once Caldas fece la sua prima partecipazione in un torneo internazionale, la Coppa CONMEBOL, dove fu eliminato al primo turno dai brasiliani del Santos (andata: Santos-Once Caldas 2-1, ritorno: Once Caldas-Santos 2-1 e 3-4 dopo i calci di rigore).
Nell'edizione 1999 il club partecipò alla Coppa Libertadores per la prima volta nella sua storia. Inserita nel medesimo gruppo di Deportivo Cali e degli argentini del Vélez Sársfield e del River Plate, terminò il suo cammino nella fase a gironi all'ultimo posto del proprio raggruppamento, ma a soli due punti dalla prima in classifica, il Vélez Sársfield.
Nell'edizione 2005 della Libertadores l'Once Caldas fu sorteggiato nel gruppo comprendente Chivas de Guadalajara (Messico), Cobreloa (Cile) e San Lorenzo (Argentina). La formazione di Manizales si piazzò seconda, a due punti di distacco dai Chivas. Nella seconda fase del torneo fu eliminata dai Tigres, squadra messicana. Sempre nel 2005 il club prese parte alla partita che assegnava la Recopa Sudamericana. Nell'incontro di andata contro il Boca Juniors perse per 3-1 in trasferta. Nella partita di ritorno, a Manizales, l'Once Caldas vinse per 2-1, ma la Recopa se la aggiudicò il Boca Juniors in virtù del 4-3 complessivo.
Nel 2009 il club ha conquistato il suo terzo titolo nazionale vincendo il torneo Apertura della Copa Mustang; nella finale ha battuto l'Atletico Junior con il punteggio complessivo di 5-2, frutto della vittoria casalinga per 2-1 e del successo per 3-1 nella trasferta di Barranquilla.
Stadio
L'Once Caldas gioca le sue partite casalinghe all'Estadio Palogrande, situato a Manizales. Lo stadio venne inaugurato nel 1936, e raggiunse la sua massima capacità, quella attuale di 42.000 spettatori, nel 1994.
Denominazioni
Nel corso della sua storia l'Once Caldas ha cambiato più volte denominazione, a seconda dello sponsor. Di seguito è riportata la lista delle denominazioni assunte dalla squadra nel corso degli anni:[1]
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