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La Coppa della Confederazione CAF 2009 è la 6ª edizione della competizione.

La squadra campione in carica è lo Club Sportif Sfaxien, vincitrice dell'edizione 2008.

Turno preliminare

L'andata del turno preliminare si è disputata dal 30 gennaio al 1º febbraio, il ritorno dal 13 al 15 febbraio.

Squadra 1	Totale	Squadra 2	Andata	Ritorno
USO	1–1 (gfc)	ASC Diaraf	0–0	1–1
OC Bukavu Dawa	4–4 (gfc)	Club 57 Tourbillon	3–3	1–1
Tourbillon FC	4–1	Vital'O F.C.	4–0	0–1
USM Libreville	2–1	ASFAN	2–1	0–0
Hay Al Arab	1–1 (2–3 dcr)	Al Ahly Benghazi	0–1	1–0
Sport Bissau e Benfica	1–3	ASC Yakaar	1–2	0–1
Prisons FC	0–6	Khaleej Sirt	0–2	0–4
Mighty Barolle	1–4	SOA	0–2	1–2
AS de Vacoas-Phoenix	2–1	AS Adema	1–1	1–0
Atlético Muçulmano	2–5	Malanti Chiefs	1–0	1–5
Victors FC	0–3	CAPS United F.C.	0–2	0–1
Red Arrows F.C.	7–0	Mundu SC	6–0	1–0
Gor Mahia	0–6	APR FC	0–5	0–1

Primo turno

L'andata del primo turno si è disputata dal 13 al 15 marzo, il ritorno dal 3 al 5 aprile.

Squadra 1	Totale	Squadra 2	Andata	Ritorno
USO	2–3	Aigle Royal	2–1	0–2
Club 57 Tourbillon	0–1	Bayelsa United	0–0	0–1
Tourbillon FC	3–5	Union Douala	1–2	2–3
USM Libreville	2–5	Santos FC	0–1	2–4
CS Sfaxien	5–3	Al Ahly Benghazi	4–1	1–2
Satellite FC	2–5	JCAT	1–2	1–3
ASC Yakaar	2–5	JSM Béjaïa	1–1	1–4
Stade Tunisien	0–2	Stade Malien	0–0	0–2
Khaleej Sirt	0–6	ES Sétif	0–1	0–5
SOA	3–6	GDR Libolo	0–1	3–5
AS de Vacoas-Phoenix	1–9	Mamelodi Sundowns	0–3	1–6
Malanti Chiefs	1–6	AS Vita Club	1–3	0–3
CAPS United F.C.	1–2	ENPPI	0–0	1–2
Red Arrows F.C.	2–2 (3–2 dcr)	Ocean Boys FC	2–0	0–2
APR FC	0–2	Haras El-Hodood	0–0	0–2
Maghreb Fez	1–2	EGS Gafsa	1–1	0–1

Ottavi di finale - primo turno

L'andata del primo turno degli ottavi di finale si è disputata dal 17 al 19 aprile, il ritorno dal 1º al 3 maggio.

Squadra 1	Totale	Squadra 2	Andata	Ritorno
Aigle Royal	1–5	Bayelsa United	1–0	0–5
Union Douala	1–5	Santos FC	1–1	0–4
CS Sfaxien	3–0	JCAT	2–0	1–0
JSM Béjaïa	1–1 (12–13 dcr)	Stade Malien	1–0	0–1
ES Sétif	5–5 (gfc)	GDR Libolo	4–0	1–5
Mamelodi Sundowns	2–3	AS Vita Club	2–2	0–1
ENPPI	4–3	Red Arrows F.C.	4–0	0–3
Haras El-Hodood	6–1	EGS Gafsa	3–0	3–1

Ottavi di finale - secondo turno

L'andata del secondo turno degli ottavi di finale si è disputata dal 17 al 19 maggio, il ritorno dal 29 al 31 maggio. I vincitori del primo turno degli ottavi di finale della Coppa della Confederazione affrontano gli sconfitti del secondo turno della Champions League.

Squadra 1	Totale	Squadra 2	Andata	Ritorno
Al-Ahly	3–3 (5–6 dcr)	Santos	3–0	0–3
ASEC Mimosas	2–2 (gfc)	ENPPI	2–2	0–0
ES Sétif	3–3 (4–3 dcr)	Djoliba	3–1	1–3
Cotonsport	3–3 (gfc)	AS Vita Club	3–1	0–2
Al Ahly (Tripoli)	1–2	Haras El-Hodood	0–0	1–2
Kampala City Council Football Club	3–5	Bayelsa United	3–1	0–4
Ittihad Khemisset	2–4	Stade Malien	1–1	1–3
Primeiro de Agosto	2–2 (5–4 dcr)	CS Sfaxien	2–0	0–2