La contea di Deer Lodge venne creata nel 1864 ed incorporata nello Stato del Montana come una delle otto contee originarie.
La contea deve il suo nome a ciò che oggi viene chiamato Warm Spring Mound, una formazione geologica alta circa 12 metri che si è creata grazie a delle eruzioni di acqua calda che durante i secoli hanno depositato i minerali sulla superficie. I nativi la chiamavano "The lodge of the white-tailed deer" (La tana del cervo dalla coda bianca), che poi in seguito divenne per i coloni più semplicemente "Deer Lodge" (tana del cervo).
