L'U.S. Center Bureau certifica che l'estensione della contea è di 1.209 km², di cui 1.179 km² composti da terra e i rimanenti 30 km² composti di acqua.
La Contea è di Cherokee stata costituita nel 1839 dalla parte ovest della contea di Macon. Nel 1861 la parte sud-est della contea venne ceduta per la formazione della contea di Clay, e nel 1872 la parte nord-est divenne la contea di Graham.