Dopo aver fatto parte delle giovanili del FSV 67 Halle, squadra della sua città, nel 1994 Conny Pohlers passò al Turbine Potsdam, con cui ha esordito in Frauen-Bundesliga. A parte una breve parentesi nel TuS Niederkirchen nel 1997, ha giocato con la maglia del Turbine Potsdam fino al 2007. In tredici stagioni con il Turbine Potsdam ha vinto la Frauen-Bundesliga in due edizioni e per due volte è risultata capocannoniere del campionato[1]. Sempre con il Turbine Potsdam ha vinto la UEFA Women's Cup 2004-2005, della quale è stata anche capocannoniere del torneo, e risultando decisiva con le sue reti sia in semifinale sia in finale[2].
Nel 2011 cambiò casacca, trasferendosi al Wolfsburg. Nelle tre stagioni disputate con la maglia del Wolfsburg Conny Pohlers vinse due Frauen-Bundesliga e due UEFA Women's Champions League, risultando così la prima calciatrice a vincere la UEFA Champions League con tre squadre differenti[4]. Inoltre, con la vittoria della UEFA Women's Champions League 2013-2014 Conny Pohlers divenne la prima calciatrice a vincere quattro edizioni del torneo e, ritirandosi al termine della stagione 2013-2014, la calciatrice con il maggior numero di reti realizzate nella UEFA Women's Champions League (48)[5]. Nel giugno 2013 ebbe una breve esperienza con il Washington Spirit nella National Women's Soccer League, dieci anni dopo un'altra breve esperienza con l'Atlanta Beat[6].
Conny Pohlers si ritirò dal calcio giocato al termine della stagione 2013-2014[7]. Al marzo 2017 Conny Pohlers è al terzo posto nella classifica delle migliori marcatrici della Frauen-Bundesliga con 187 reti realizzate, di cui 8 su rigore[8].