La linea di confine interessa la parte sud della Colombia e quella nord-est del Perù. Ha un andamento generale da nord-ovest verso sud-est. Si svolge quasi integralmente lungo il corso del fiume Putumayo.
Il confine si avvicina molto all'Equatore senza però mai oltrepassarlo: ciò non permette al Perù di essere uno stato equatoriale per appena 4 km circa.