Il club fu fondato nel 1963 col nome di Reyfra Atlético Club. Nel 1970 assorbì l'Aviaco Madrileño CF (formato nel 1967 dalla fusione tra il Madrileño CF e l'AD Aviaco), si affiliò all'Atlético Madrid e cambio nome in Atlético Madrileño Club de Fútbol. Nel 1991 assunse l'attuale denominazione.
Tra il 1980 e il 1986 milita ininterrottamente in Segunda División, arrivando anche a disputare due finali di Coppa di Lega di categoria. Ne vince una nel 1983 battendo nella doppia finale il Deportivo la Coruña mentre nell'edizione del 1985, viene sconfitta dal Real Oviedo.
Dopo il 1986 la squadra ha oscillato tra questa serie e la Segunda División B. Nella stagione 1998-1999 si piazzò al 2º posto nella Segunda División, ma non poté essere promossa in Primera División a causa della regola che vieta la partecipazione congiunta allo stesso livello tra la squadra principale e quella satellite. Nella stagione successiva, invece, il team finì 17° in campionato, retrocedendo in Segunda División B; da allora è rimasto stabilmente nella 3ª divisione spagnola.
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