La cronometro maschile Under-23 dei Campionati europei di ciclismo su strada 2006, si è svolta il 14 luglio 2006 nei Paesi Bassi, con partenza ed arrivo da Valkenburg aan de Geul, su un percorso di 32 km. La medaglia d'oro è stata vinta dall'ucraino Dmytro Hrabovs'kyj con il tempo di 38'36" alla media di 49,74 km/h, l'argento al francese Jérôme Coppel e a completare il podio il belga Dominique Cornu.
Partenza con 66 ciclisti, dei quali 65 completarono la gara.
.svg){kind=small}
