La bandiera è in uso dal 4 novembre 1925 e si basa sulla bandiera adottata nel 1903 e in seguito modificata. Fu il diplomatico panamense Manuel Amador Terreros a realizzare il primo disegno per la bandiera nella notte del 1º novembre 1903; secondo le sue intenzioni la bandiera doveva rappresentare il mondo politico panamense dell'epoca.