In origine Bajkonur era una cittadina mineraria a qualche centinaia di chilometri a nordest. Il luogo dei lanci è stato chiamato così per tenere segreta la vera ubicazione del luogo. La fortuna del luogo varia a seconda del programma spaziale russo. Dal cosmodromo di Bajkonur vennero lanciati le Sojuz e gli Sputnik, tra cui il primo satellite della storia: lo Sputnik 1.
Il sindaco della città è designato con accordo tra il presidente russo e quello kazako. La città è sotto giurisdizione russa, comprese quelle in maniera fiscale, a cui sono aggiunte le leggi kazake. Le dogane (che gestiscono l'aeroporto) e le forze dell'ordine sono kazake.