Il club è stato fondato il 17 dicembre 1924 da un gruppo di uomini d'affari. Dopo aver viaggiato a Santos, hanno giocato una partita di calcio contro un gruppo di imprenditori di Santos. La partita è terminata 1-1. Dopo il ritorno a Rio de Janeiro, hanno deciso di fondare una squadra di calcio. La Portuguesa prese il nome dall'Associação Atlética Portuguesa, una squadra di calcio di Santos. La Portuguesa è ricordata per aver sconfitto il Real Madrid, la squadra più famosa d'Europa nel 1969, con il risultato di 2-1. Uno dei giocatori più notati in quella partita è stato Escurinho, che ha giocato parte della sua carriera per il Fluminense e per la nazionale brasiliana. Nel 1969, alcune squadre europee pensarono di comprare Escurinho, ma avevano rinunciato a causa della sua età (39 anni).
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