Vísindaleg aðferð er sú leið sem farin er til að afla vísindalegrarþekkingar. Reynslurannsóknir felast meðal annars í tilraunum, tölfræðilegri greiningu á gögnum sem til eru, og hvers kyns athugunum á heiminum sem víð búum í, á meðan fræðilegar rannsóknir byggjast á því að leiða út ákveðnar kenningar um heiminn út frá grunnreglum, á stærðfræðilegan eða rökfræðilegan hátt. Vísindaleg aðferð á við um báðar gerðir rannsókna, og er áhersla lögð á að vísindarannsóknir séu hlutlægar, að þær séu sannreynanlegar af öðrum vísindamönnum, og að þekkingar sé ekki aflað án samhengis, heldur þannig að hún leiði til aukins skilnings á fyrri rannsóknum og á heiminum sem við búum í. Til að stuðla að þessu er meðal annars ætlast til þess að vísindamenn skrái skilmerkilega bæði niðurstöður sínar og þær aðferðir sem þeir nota til að komast að niðurstöðunum.
Þótt orðið gefi til kynna að um sé að ræða eina tiltekna aðferð sem vísindamenn nota við störf sín, er hin vísindalega aðferð þó mun víðtækari en svo. Í raun er um að ræða ákveðið viðhorf eða hugmyndafræði um það hvers kyns aðferðir eru líklegar til að bæta við vísindalega þekkingu. Sem dæmi má nefna að í rannsóknum sem ætlað er að sannreyna tilteknar kenningar er notuð afleiðsla, þar sem ákveðnar tilgátur eru leiddar af kenningunum, og tilraunir eða athuganir miðast við að athuga hvort þessar tilgátur séu í samræmi við niðurstöður athugananna. Vísindamenn þurfa einnig að smíða kenningar og er þá notuð tilleiðsla eða fráleiðsla til að leiða almennari kenningar eða skýringar af þeim niðurstöðum sem athuganir hafa leitt í ljós. Þótt kenningasmíð og kenningaprófun séu mjög ólíkar í framkvæmd þá teljast þær báðar hluti af hinni vísindalegu aðferð, og styðja hvor við aðra.
Þeir eru til sem gagnrýna vísindalega aðferð á þeim grundvelli að hún þrengi sjónarhorn rannsakenda og komi í veg fyrir að þeir uppgötvi hluti sem kenningar þeirra spá fyrir um. Er þá gjarna bent á að ýmsar mikilvægar uppgötvanir má rekja til slembilukku, svo sem þegar Wilhelm Conrad Röntgen tók eftir því að ljósmyndafilma tók lit í lokuðum kassa og uppgötvaði í kjölfarið röntgengeislana, eða þegar Louis Pasteur sprautaði kjúklinga með gerilsýnum sem höfðu skemmst fyrir slysni og uppgötvaði í kjölfarið bóluefni við kjúklingakóleru. Slík slembilukka er þó það algeng í vísindarannsóknum að margir telja að ekki sé um tilviljun að ræða. Vísindaleg aðferð byggir nefnilega á því að kanna nákvæmar og nákvæmar þær kenningar sem fyrir liggja, og gjarnan undir óvenjulegri og óvenjulegri kringumstæðum. Með því að reyna á þanþol kenninga hefur vísindaleg aðferð reynst einstaklega vel við að leiða í ljós þær kringumstæður þar sem þær bregðast, og þannig varpa ljósi á áður óútskýrð fyrirbrigði.